A Belvárosi Plébánia helyén már 1800 éve épület áll. Legelsőként, 200 körül a Római Birodalom helyőrségi állomása volt itt, majd ezt követően az 1200-as években egy román templomot építettek ide, melyet időről-időre átalakítottak, kibővítettek, mígnem elnyerte a mai formáját. Ez azt is jelenti, hogy a Belvárosi Plébánia legrégebbi temploma.

A Belvárosi Plébánia főura Budapest, vagyis az épület tulajdonosa a város, az egyház csak a használója.

Bár tavaly, az altemplom kialakításakor is rengeteg értékes régészeti leletet találtak már korábban is bukkantak kincsekre a felújítások, átépítések alkalmával. Az Erzsébet híd építésekor például aranyozott római sisakokra leltek, a mai templom alatt húzódó románkori maradványokra pedig az 1930-as években, Lux Kálmán régész bukkant rá elsőként.

Amikor a törökök meghódították Budát, Pestet is elfoglalták, ahol a Belvárosi Plébánia helyén álló templomra is rátették a kezüket, ezzel is jelezvén, hogy ők uralják a várost. Magán az templomon túl sokat nem változtattak, csak rövid ideig használták mecsetként, csupán egy imafülkét alakítottak ki a főhajón. Ez még ma is látható, azzal az eredeti vakolattal, melyet még a törökök készítettek.

A Gellért hegyen mártírhalált halt Gellért püspök eredeti nyughelye a Belvárosi Plébánia volt. Ma a szentté avatott pap két ereklyéje, a csigolya- és a sarokcsontja is itt, a templomban található, melyet a muránói plébánia ajándékozott a templomnak.

A különböző felújítások alkalmával 12 festékréteget és 14 építéstörténeti réteget különböztettek meg a régészek. Az egyik legrégebbi régészeti lelet az a gótikus festmény, mely a főoltár mögött található és Máriát ábrázolja a kis Jézussal. A falfestményt 2010-ben fedezték fel, és a mai napig az eredeti színeiben pompázik, mivel időtálló azúrfestékkel készítették.